Yayınlar & Eserler

Yayın Ağı

SCI, SSCI ve AHCI İndekslerine Giren Dergilerde Yayınlanan Makaleler

Deciphering the host genetic factors conferring susceptibility to severe COVID-19 using exome sequencing

Uslu K., Ozcelik F., Zararsiz G., Eldem V., Cephe A., Sahin I. O., et al.
GENES AND IMMUNITY , cilt.25, sa.1, ss.14-42, 2024 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

Mining NCBI Sequence Read Archive Database: An Untapped Source of Organelle Genomes for Taxonomic and Comparative Genomics Research

Eldem V., Balcı M. A.
DIVERSITY , cilt.16, sa.2, ss.1-16, 2024 (SCI-Expanded)

The effects of dietary microbial 6-phytase on growth parameters, intestinal morphometric properties and selected intestinal genes expression in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1876)

Kaiza V. E., YILDIZ M., ELDEM V., Golzaradabi S., Ofori-Mensah S.
Journal of Animal Physiology and Animal Nutrition , cilt.107, sa.6, ss.1517-1529, 2023 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier

Global expression pattern of genes containing positively selected sites in European anchovy (Engraulis encrasicolus L.) may shed light on teleost reproduction

Eldem V., Zararsız G., Erkan M.
PLOS ONE , cilt.18, sa.8, 2023 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

Comprehensive analysis of circulating viral DNA in maternal plasma at population-scale using low-pass whole-genome sequencing

Eldem V., Kuralay S. C., Ozdogan G., Ozcelik G. H., Aydin D., Cakmak G., et al.
GENOMICS , cilt.115, sa.2, 2023 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

voomSOM: voom-based Self-Organizing Maps for Clustering RNA-Sequencing Data

Cephe A., Koçhan N., Zararsız G. E., Eldem V., Coşgun E., Karabulut E., et al.
CURRENT BIOINFORMATICS , cilt.18, sa.2, ss.154-169, 2023 (SCI-Expanded) identifier identifier

Genetic and morphometric comparisons of populations of Lacerta diplochondrodes Wettstein, 1952 (Squamata: Lacertidae) in Türkiye

Kaya N., ÖZULUĞ O., TOSUNOĞLU M., ELDEM V.
Zoology in the Middle East , cilt.69, sa.4, ss.355-363, 2023 (SCI-Expanded) identifier

Effect of dietary inclusion of camelina or chia oil on fatty acid digestibility, histology, blood biochemistry and molecular biomarkers in juvenile gilthead sea bream (Sparus aurata, L.)

Ofori-Mensah S., Yildiz M., Eldem V., Urku C., Kaplan C.
TURKISH JOURNAL OF FISHERIES AND AQUATIC SCIENCES , cilt.22, sa.11, 2022 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier

Genome skimming approach reveals the gene arrangements in the chloroplast genomes of the highly endangered Crocus L. species: Crocus istanbulensis (B.Mathew) Rukans

Cay S. B., Cinar Y. U., Kuralay S. C., Inal B., Zararsiz G., Ciftci A., et al.
PLOS ONE , cilt.17, sa.6, 2022 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

Substitution of fish oil with camelina or chia oils in gilthead sea bream (Sparus aurata, L.) diets: Effect on growth performance, fatty acid composition, haematology and gene expression

Ofori-Mensah S., Yıldız M., Arslan M., Eldem V., Gelibolu S.
AQUACULTURE NUTRITION , cilt.26, sa.6, ss.1943-1957, 2020 (SCI-Expanded) identifier identifier

Fish oil replacement with different vegetable oils in gilthead seabream, Sparus aurata diets: Effects on fatty acid metabolism based on whole-body fatty acid balance method and genes expression

Ofori-Mensah S., Yıldız M., Arslan M., Eldem V.
AQUACULTURE , cilt.529, 2020 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier

MLSeq: Machine learning interface for RNA-sequencing data

GÖKSÜLÜK D., ZARARSIZ G., KORKMAZ S., Eldem V., Zararsiz G. E., Ozcetin E., et al.
COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE , cilt.175, ss.223-231, 2019 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

The relationship between phylogenetic classification, virulence and antibiotic resistance of extraintestinal pathogenic Escherichia coli in Izmir province, Turkey

Bozcal E., Eldem V., Aydemir S., Skurnik M.
PEERJ , cilt.6, 2018 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

The Relationship Between Blood Pressure and Sleep Duration in Turkish Children: A Cross-Sectional Study

BAL C., ÖZTÜRK A., ÇİÇEK B., Ozdemir A., ZARARSIZ G., ÜNALAN D., et al.
JOURNAL OF CLINICAL RESEARCH IN PEDIATRIC ENDOCRINOLOGY , cilt.10, sa.1, ss.51-58, 2018 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

voomDDA: discovery of diagnostic biomarkers and classification of RNA-seq data

ZARARSIZ G., Goksuluk D., Klaus B., Korkmaz S., Eldem V., KARABULUT E., et al.
PEERJ , cilt.5, 2017 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

A comprehensive simulation study on classification of RNA-Seq data

Zararsiz G., Goksuluk D., Korkmaz S., Eldem V., Zararsiz G. E., Duru I. P., et al.
PLOS ONE , cilt.12, sa.8, 2017 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

Global Transcriptome Analysis Reveals Differences in Gene Expression Patterns Between Nonhyperhydric and Hyperhydric Peach Leaves

Bakir Y., Eldem V., ZARARSIZ G., Unver T.
PLANT GENOME , cilt.9, sa.2, 2016 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

Theory of room temperature ferromagnetism in Cr modified DNA nanowire

Duru I. P., DEĞER C., Eldem V., Kalayci T., AKTAŞ Ş.
JOURNAL OF PHYSICS D-APPLIED PHYSICS , cilt.49, sa.13, 2016 (SCI-Expanded) identifier identifier

The complete mitochondrial genome of Alburnus tarichi (Teleostei, Cyprinidae)

Kubanc N., Eldem V., Kubanc C.
Mitochondrial DNA , cilt.27, sa.2, ss.1243-1244, 2016 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

Complete mitochondrial genome of Alburnus istanbulensis (Teleostei, Cyprinidae).

Eldem V., Kubanc C., Kubanc N.
Mitochondrial DNA. Part A, DNA mapping, sequencing, and analysis , cilt.27, sa.2, ss.1241-2, 2016 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

De novo assembly and comprehensive characterization of the skeletal muscle transcriptomes of the European anchovy (Engraulis encrasicolus)

Eldem V., ZARARSIZ G., Erkan M., Bakir Y.
MARINE GENOMICS , cilt.20, ss.7-9, 2015 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

Genome-Wide Analysis of the bZIP Transcription Factors in Cucumber

Baloglu M. C., Eldem V., Hajyzadeh M., Unver T.
PLOS ONE , cilt.9, sa.4, 2014 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

Boron Stress Responsive MicroRNAs and Their Targets in Barley

Ozhuner E., Eldem V., Ipek A., Okay S., Sakcali S., Zhang B., et al.
PLOS ONE , cilt.8, sa.3, 2013 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

Plant microRNAs: new players in functional genomics

Eldem V., Okay S., Unver T.
TURKISH JOURNAL OF AGRICULTURE AND FORESTRY , cilt.37, sa.1, ss.1-21, 2013 (SCI-Expanded) identifier identifier

Genome-Wide Identification of miRNAs Responsive to Drought in Peach (Prunus persica) by High-Throughput Deep Sequencing

Eldem V., Akcay U. C., Ozhuner E., Bakir Y., Uranbey S., Unver T.
PLOS ONE , cilt.7, sa.12, 2012 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

Micro-RNA Regulation for Boron Toxicity Tolerance in Barley

ÜNVER T., Erkilic E. G., Eldem V., Sakcali S., İPEK A., Uranbey S., et al.
IN VITRO CELLULAR & DEVELOPMENTAL BIOLOGY-ANIMAL , cilt.48, ss.40, 2012 (SCI-Expanded) identifier

Diğer Dergilerde Yayınlanan Makaleler

Sodium Arsenic Alters the Gene Expression of some Steroidogenic Genes in TM3 Leydig Cell.

Taşçi T., ELDEM V., ERKAN M. B.
Celal Bayar University Journal of Science , cilt.15, sa.3, ss.265-270, 2019 (Hakemli Dergi)

Genome-wide EST-SSR Marker Identification in Red Wiggler Worm Eisenia fetida (Savigny, 1826)

ELDEM V.
Celal Bayar University Journal of Science , cilt.14, sa.1, ss.135-140, 2018 (Hakemli Dergi)

A Quick and Efficient Method for DNA Isolation from Freshwater Ostracods

KUBANÇ S. N., Taşcı T., KUBANÇ C., Özuluğ O., ELDEM V.
Genetics of Aquatic Organisms , cilt.1, sa.1, ss.1-7, 2017 (Scopus)

Hakemli Kongre / Sempozyum Bildiri Kitaplarında Yer Alan Yayınlar

Mikrobiyal 6-Fitazın Gökkuşağı Alabalığında (Oncorhynchus mykiss) Büyüme Performansı, Bağırsak Histolojisi ve Gen Ekspresyonuna Etkileri

Yıldız M., Eldem V.
6. BALIK BESLEME VE YEM TEKNOLOJİSİ ÇALIŞTAYI, Antalya, Türkiye, 27 - 28 Eylül 2023, ss.22

The Comprehensive Characterization of Segmental Duplication in Zebrafish Genome

DİKMEN F., YILDIZBAYRAK N., ELDEM V., ERKAN M. B.
13th International Symposium on Fisheries and Aquatic Sciences (FABA), Ankara, Türkiye, 21 - 23 Kasım 2018, ss.81

Phylogenetic relationship and virulence properties of extraintestinal pathogenic Escherichia coli

Bozcal E., Eldem V., Aydemir S., Skurnik M.
10th Balkan Congress of Microbiology, Sofia, Bulgaristan, 16 - 18 Kasım 2017, ss.17

Genomic regions associated with virulence and antibiotic resistance in Extraintestinal Pathogenic Escherichia coli strains Phylogenetic group B2

Bozcal E., Eldem V., Aydemir S., Skurnik M.
7th European Conference on Prokaryotic and Fungal Genomics, Göttingen, Almanya, 19 - 22 Eylül 2017, ss.20

Whole-Genome Characterization and Composition of European Anchovy (Engraulis Encrasicolus L., 1758)

ELDEM V., Yüksel B., ERKAN M. B., Zararsız G., DİKMEN F., Saraç A., et al.
FABA 2016: International Symposium on Fisheries and Aquatic Sciences, Antalya, Türkiye, 3 - 05 Kasım 2016, ss.111-112

Hamsi balığı (Engraulis Encrasicolus)’nın yumurta gelişiminde rol oynayan genlerin karşılaştırmalı transkriptomik yaklaşım ile belirlenmesi

ELDEM V., AYDIN Y., Yüksel B., ERKAN M. B.
II. Ulusal Su Ürünleri Yetiştiriciliğinde Gamet Biyolojisi Çalıştayı, Muğla, Türkiye, 19 - 21 Nisan 2016, ss.1

İşlevsel Genomiğin Yeni Oyuncusu; Bitki MikroRNA’ları

ÜNVER T., Erkılıç E. G., Özhüner E., Yanık H., Böke H., Hajyzadeh M., et al.
2. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 1 - 04 Aralık 2012, ss.18-19

Şeftali (Prunus persica L.)’ de kuraklık stresi ile ilişkili mikroRNA’ ların yeni nesil dizileme teknolojisiyle tanımlanması ve karekterizasyonu

ELDEM V., Bakır Y., Akçay U. Ç., ÜNVER T.
2. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 1 - 04 Aralık 2012, ss.58-59 Sürdürülebilir Kalkınma

Micro-RNA Regulation for Boron Toxicity Tolerance in Barley

Unver T., ELDEM V.
World Congress on In vitro biology, Washington, Amerika Birleşik Devletleri, 3 - 07 Haziran 2012, cilt.48, ss.40

Kitap & Kitap Bölümleri

Dual transcriptomics data and host-pathogen interaction detection

Eldem V., Çınar Y. U., Çay S. B., Kuralay S. C., Kayalar Ö., Zararsız G., et al.
Systems Biology Approaches for Host-Pathogen Interaction Analysis, Mohd. Tashfeen Ashraf,Abdul Arif Khan,Fahad M. Aldakheel, Editör, Elsevier Science, Oxford/Amsterdam , Massachusetts, ss.190-210, 2024

MicroRNAs and Long Non-coding RNAs as Key Targets

Obut O., Akbaba P., Balcı M. A., Bakır Y., Eldem V.
Oncology: Genomics, Precision Medicine and Therapeutic Target, Hardeep Singh Tuli,Mükerrem Betül Yerer Aycan, Editör, Springer Nature, Singapore, ss.39-76, 2023

Best Practices of Feature Selection in Multi-Omics Data

İpekten F., ERTÜRK ZARARSIZ G., DOĞAN H. O., ELDEM V., ZARARSIZ G.
Encyclopedia of Data Science and Machine Learning, John Wang, Editör, IGI Global, ss.2045-2059, 2023

Class Discovery, Comparison, and Prediction Methods for RNA-Seq Data

CEPHE A., KOÇHAN N., ERTÜRK ZARARSIZ G., ELDEM V., ZARARSIZ G.
Encyclopedia of Data Science and Machine Learning, John Wang, Editör, IGI Global, ss.2060-2084, 2023

Transcriptome Analysis for Non-Model Organism: Current Status and Best-Practices

ELDEM V., Zararsız G., Taşçi T., Duru İ. P., Bakır Y., ERKAN M. B.
Applications of RNA-Seq and Omics Strategies - From Microorganisms to Human Health, March F.A.,Cirillo P.D.R.,Mateo E.C, Editör, Intech, Rijeka, ss.55-77, 2017 Sürdürülebilir Kalkınma

Diluted Magnetic DNA Nanowires

Değer C., ELDEM V., Duru İ. P.
Nanowires - New Insights, Maaz K., Editör, Intech, Rijeka, ss.189-207, 2017

Antimicrobial Polypeptides in the Control of Plant Pathogenic Bacteria

ELDEM V.
Sustainable Approaches to Controlling Plant Pathogenic Bacteria, Kannan R.V., Bastas K.K., Editör, Crc Press, Florida, ss.123-148, 2015

Drosophila'da Eksen Spesifikasyonunun Genetiği

ELDEM V.
Gelişim Biyolojisi, "Erkan M.", "İrez T.", Editör, Nobel Tıp Kitapevi, İstanbul, ss.203-237, 2013

Kuşlar ve Memeliler: Erken Gelişim ve Eksen Oluşumu

ELDEM V.
Gelişim Biyolojisi, "Erkan M.", "İrez T.", Editör, Nobel Tıp Kitapevi, İstanbul, ss.287-319, 2013

Diğer Yayınlar

Machine learning interface for RNA-Seq data

Zararsiz G., Goksuluk D., Korkmaz S., ELDEM V., Duru I. P., Unver T., et al.
Diğer, ss.1-10, 2014 Sürdürülebilir Kalkınma

Metrikler

Yayın

48

Atıf (WoS)

578

H-İndeks (WoS)

11

Atıf (Scopus)

697

H-İndeks (Scopus)

11

Proje

29

Tez Danışmanlığı

3

Açık Erişim

14
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları